De Westerschelde is de laatste echte riviermonding die na het Deltaplan in Zuid-Nederland is overgebleven. Omdat dit water een belangrijke rol speelt als toegangsweg naar de haven van Antwerpen mocht het niet worden afgesloten, zoals met de andere Zeeuwse en Zuid-Hollandse wateren is gebeurd.

Open riviermondingen zoals de Westerschelde zijn steeds zeldzamer geworden in Europa, terwijl deze gebieden een aantal belangrijke natuurfuncties vervullen. Zo is het gebied een belangrijke kraamkamer voor verschillende zeevissoorten, zoals tong, schol en zeebaars. De aan het water grenzende brakwaterschorren en slikken worden bij hoog water druk bezocht door garnalen en grondels, die op hun beurt weer een voedselbron zijn voor grotere vissen zoals harders. Bij laag water zijn deze gebieden juist weer belangrijk voor verschillende vogels zoals steltlopers, eenden en ganzen. Door de vermenging van zeewater met zoet voedselrijk rivierwater ontstaat een gradiënt in zoutgehalte en voedselrijkdom tussen Vlissingen en Rupelmonde in België. Die gradiënt zorgt voor de nodige variatie in soorten en aantallen planten en dieren. Op het grote brakwaterschor bij het verdronken land van Saeftinghe groeien bijvoorbeeld andere planten dan in het Zwin.

Het internationale karakter, de grote economische betekenis en de vele natuurgebieden van de Schelde vragen om veel overleg tussen de betrokken landen. Ook zijn in de Westerschelde diverse nationale en Europese richtlijnen van kracht, waaronder de Europese kaderrichtlijn Water, de Vogelrichtlijn, de Habitatrichtlijn, de richtlijn gevaarlijke stoffen en de Visserijquotering.

Nederland en België hebben gezamenlijk een langetermijnvisie opgesteld voor de Scheldemonding. Drie functies spelen hierin een hoofdrol: veiligheid, toegankelijkheid en natuurlijkheid. Voor Vlaanderen is vooral een verdere verdieping van de vaargeul naar Antwerpen belangrijk. Nederland is in maart 2005 hiermee akkoord gegaan, hoewel er van diverse kanten, waaronder vissers, natuurorganisaties en lagere overheden in het gebied, veel weerstand bestaat tegen een volgende verdieping. Ter compensatie van de verdieping krijgt Zeeland geld voor de aanleg van nieuwe wegen en voor de aanleg van nieuwe natuur langs de Westerschelde.

Onderdeel van dit akkoord is de ontpoldering van 600 hectare gebied langs de Westerschelde ten behoeve van deze nieuwe natuur. In 2006 ondertekenden de minister van LNV en de provincie Zeeland een convenant waarin de provincie hiervoor verantwoordelijk wordt gesteld. In de eerste helft van 2006 ontstond hiertegen fel protest onder brede lagen van de Zeeuwse bevolking. De Tweede Kamer wil in september 2006 opnieuw overleg plegen met de betrokken partijen om gedwongen ontpoldering van landbouwgebieden te voorkomen.

Daarnaast woedt al een aantal jaren een discussie over de aanleg van een Westerschelde Container Terminal (WCT) bij Vlissingen. Deze containerkade moet de positie van de Zeeuwse havens versterken en zorgen voor extra werkgelegenheid. Tegenstanders, waaronder de ZMF en de gemeente Goes, wijzen op de toenemende verkeers- en geluidsoverlast, horizonvervuiling en het verlies van uniek natuurgebied. De streekplanherziening, die de WCT mogelijk moest maken, is door de Raad van State afgewezen. De provincie Zeeland onderzoekt momenteel de mogelijkheden en randvoorwaarden voor een doorstart van de plannen voor de WCT.