Het Veerse Meer is het kleinste van de “grote wateren” van Zeeland. Het is ook het eerste water dat werd afgesloten als onderdeel van de Deltawerken. Oorspronkelijk was de bedoeling dat het Veerse Meer zoet zou worden, maar na het besluit om de Oosterschelde open te houden was dat van de baan. Tegenwoordig is het zoutgehalte van het Veerse Meer bijna even hoog als dat van de Oosterschelde. Toerisme en recreatie zijn belangrijke functies van het Veerse Meer. Daarnaast zijn sommige ondiepe delen van het gebied en een aantal eilanden aangewezen als natuurgebied.

Een groot deel van het landbouwgebied van Walcheren en Noord- en Zuid-Beveland watert af op het Veerse Meer. Daardoor, en door de geringe wateruitwisseling met de Oosterschelde, is het water zwaar overbemest met stikstof en fosfaat. Explosieve algengroei was dan ook een terugkerend fenomeen op het Veerse Meer. Als deze algen afsterven en naar de bodem zinken gaat het dode materiaal rotten en onttrekt zuurstof aan de omgeving, waardoor een groot deel van de bodem verandert in een zwart, stinkend niemandsland waar niets kan groeien.

Om aan dit probleem tegemoet te komen is in 2004 een doorlaatmiddel gebouwd in de Zandkreekdam, de dam die het Veerse meer aan de oostkant scheidt van de Oosterschelde. Vanaf juni 2004 stroomt door deze doorlaat het Oosterscheldewater met ieder getij in- en uit het Veerse Meer. Uit de metingen van Rijkswaterstaat blijkt, dat de waterkwaliteit hierdoor sterk is verbeterd. Het zout- en zuurstofgehalte zijn vrijwel even hoog geworden als in de Oosterschelde en de zuurstofloze putten hebben zich na de ingebruikname van de doorlaat vrijwel niet meer voorgedaan.  

Een ander probleem in het Veerse Meer is het waterpeil. In de winter wordt dat kunstmatig zeventig centimeter verlaagd om een goede afwatering voor de omringende landbouwgrond te garanderen. Dat heeft echter tot gevolg dat de ondiepste delen van het meer in de winter droog vallen. Op deze oppervlaktes kan zich daarom nooit een stabiele gemeenschap van waterplanten en -dieren vestigen.

Een vast peil zou de ecologische ontwikkeling van het meer ten goede komen. In de zomer van 2003 heeft de stuurgroep Veerse Meer daarom besloten dat er een vast peil moet komen. Met het realiseren hiervan wordt echter gewacht tot er een aantal aanpassingswerken zijn gebouwd, waarmee alle negatieve gevolgen van een vast peil voor de landbouw verholpen kunnen worden. Voorlopig wordt dan ook nog steeds het huidige zomer- en winterpeil gehandhaafd.