De Zeeuwse en Zuid-Hollandse wateren vormen de monding van de Nederlandse delta. Van oorsprong waren deze wateren een overgangszone tussen rivier en zee. Met ieder getij stroomde zeewater in en uit de monding en vermengde zich met het zoete, voedselrijke rivierwater. Door de voortdurende aanvoer van voedingsstoffen waren de Zeeuwse wateren rijk aan vis en schelpdieren. Naast landbouw was visserij vroeger dan ook een van de pijlers van de Zeeuwse economie.

Na de watersnood van 1953 zijn de zeearmen afgedamd in het kader van het Deltaplan. Landinwaarts kwamen compartimenteringdammen die de wateren van elkaar gescheiden hielden. Op die manier ontstond een mozaïek van verschillende grote wateren, ieder met hun eigen karakter.

Het Haringvliet, dat zoet water bevat, is de “kraan” van Nederland. Al het water van de grote rivieren stroomt via deze route door de Haringvlietsluizen naar de Noordzee. De sluizen lozen het zoete water bij afgaand tij op de Noordzee, zodat er geen zout water binnendringt.

Het Volkerak is eveneens zoet. Dit oostelijke randmeer wordt gevoed met water uit een aantal Brabantse riviertjes. Dit water bevat zoveel voedingsstoffen, zoals stikstoffen, fosfaat en organische verbindingen, dat het Volkerak in de zomer regelmatig te kampen heeft met plagen van blauwalgen.

De Oosterschelde, Westerschelde en Grevelingen zijn allemaal zout. Van deze drie is echter alleen de Westerschelde nog te karakteriseren als een echte riviermonding. Het water is rijk aan meststoffen die vanuit België worden aangevoerd, waardoor de Westerschelde een hoge opbrengst heeft aan vis en garnalen. Aan de andere kant brengt de rivier ook veel vervuilende stoffen met zich mee. De Westerschelde vervult een belangrijke rol als vaarwater voor de scheepvaart naar de haven van Antwerpen.

De Oosterschelde is van de Noordzee gescheiden door een doorlaatbare stormvloedkering. Hierdoor is de eb- en vloedbeweging in het bekken bewaard gebleven. Dat geldt niet voor de noordelijker gelegen Grevelingen, die geheel is afgesloten. Wel zorgt een spuisluis in de Brouwersdam voor regelmatige verversing met Noordzeewater. De Grevelingen is het grootste zoutwatermeer van Europa. Recreatie en natuur zijn belangrijke functies van zowel Grevelingen als Oosterschelde.

Het Veerse meer, tenslotte, is het kleinste van de “grote wateren”. Het is al jarenlang afgesloten van de omringende wateren en zwaar overbelast met zoet, voedselrijk polderwater. Dat heeft geresulteerd in slechte waterkwaliteit, overmatige algengroei en zuurstofloze waterbodems. In 2004 is een spuisluis in de Zandkreekdam in gebruik genomen, die hierin verbetering moet brengen. De effecten van deze spuisluis zijn tot nu toe positief. Een andere maatregel die momenteel ter discussie staat is het instellen van een vast waterpeil in het Veerse Meer (in plaats van een zomer- en winterpeil).