Sinds de invoering van de Wet Verontreiniging Oppervlaktewateren (1969) is de kwaliteit van het oppervlaktewater in Nederland sterk verbeterd. Industriële lozingen komen nog maar incidenteel voor, maar dat betekent niet dat de Nederlandse sloten en rivieren nu schoon zijn. Vooral de zogeheten diffuse bronnen vervuilen het water nog steeds, onder meer kunstmest en bestrijdingsmiddelen vanuit de landbouw. Bovendien blijkt in het water een grote vergeten groep schadelijke stoffen aanwezig, in de vorm van onder meer resten van medicijnen, geurstoffen en vlamvertragers.

De afgelopen jaren heeft Nederland veel aandacht besteed aan het verbeteren van de kwaliteit van het oppervlaktewater. Er zijn afspraken gemaakt over het verminderen van de uitstoot van schadelijke stoffen in onder meer de Vierde Nota Waterhuishouding (1998) en andere bestuurlijke afspraken en wetten, zoals Minas, de Meststoffenwet en allerlei Lozingenbesluiten. Laatstgenoemde afspraken hebben betrekking op het verminderen van de emissie van mineralen en bestrijdingsmiddelen vanuit de landbouw. Het gebruik van dergelijke middelen is de afgelopen jaren al sterk verminderd en bovendien komt er door allerlei technische ontwikkelingen van de gebruikte middelen veel minder in het oppervlaktewater terecht. In de toekomst zal de teruggang in het gebruik van meststoffen en bestrijdingsmiddelen nog verder gaan. Vooral over de Nederlandse mestwetgeving is de afgelopen jaren veel te doen geweest. Boeren vonden de regels veel te ver gaan (en veel te ingewikkeld bovendien), maar slaagden toch in een veel efficiënter mineralengebruik. Economie en ecologie bleek in veel gevallen samen te kunnen gaan. Desondanks heeft het Europese Hof enkele jaren geleden het Nederlandse mestbeleid compleet van tafel geveegd. Per 1 januari 2006 is in Nederland een nieuwe mestwetgeving van kracht, een gebruiksnormenstelsel. Dat houdt in dat wettelijk is bepaald hoeveel stikstof en fosfaat ondernemers mogen gebruiken voor de teelt van gewassen. Het oude systeem (Minas) was er een met verliesnormen.

Op één punt mogen Nederlandse boeren afwijken van de Europese mestregels: de nitraatrichtlijn. Volgens deze richtlijn mag  per hectare niet meer dan 170 kg stikstof uit dierlijke mest worden toegediend. Dit ter bescherming van het oppervlaktewater. Onder een aantal voorwaarden mogen Nederlandse boeren op grasland 250 kg stikstof uit dierlijke mest toedienen. De Europese Commissie is akkoord gegaan met een verzoek hiertoe (derogatieverzoek), omdat onder de Nederlandse omstandigheden de graslandopbrengst erg hoog is en er volgens deskundigen ondanks de hogere bemesting geen risico voor overbemesting bestaat.

Europa noopt Nederland hoe dan ook om meer aandacht aan de kwaliteit van het oppervlaktewater te besteden: de Europese Kaderrichtlijn Water betekent voor Nederland een aanscherping van de normen voor waterkwaliteit.

Bestuursakkoord

Rijk, provincie, gemeenten en waterschappen hebben in juli 2003 het Nationaal Bestuursakkoord Water vastgesteld. Doel hiervan is - heel breed - het op orde krijgen van de Nederlandse watersystemen. Het gaat hierbij vooral om de gevolgen van het veranderende klimaat. Door de stijgende zeespiegel en dalende bodem moeten maatregelen worden genomen zoals het langer vasthouden van het water en het creëren van tijdelijke opvangmogelijkheden. Deze maatregelen zijn toegespitst op wateroverlast, maar daarnaast is het nodig verdroging tegen te gaan. En ook, last but not least, watervervuiling. De Stichting Natuur en Milieu en andere organisaties vinden dat ook waterkwaliteit een prominente plaats verdient in het bestuursakkoord.  

Richtlijn grondwater

EU-landen mogen zelf normen stellen voor vervuilende stoffen in hun grondwater, zoals lood en bestrijdingsmiddelen. Dat staat in een grondwaterrichtlijn, waarover het Europees Parlement en de EU-landen het in oktober 2006 eens zijn geworden. Alleen voor nitraat blijft een EU-norm gelden waarvan landen niet mogen afwijken. De meeste EU-landen hebben nog geen milieulimieten voor grondwater, wel voor oppervlaktewater.