De visserij in Zeeland is onder te verdelen in de schelpdiervisserij en de 'reguliere' visserij. Beide sectoren hebben vaak te maken met duurzaamheidsvraagstukken. In de reguliere visserij gaat het er voornamelijk om, dat de natuurlijke vispopulaties niet zodanig worden overbevist dat ze zichzelf niet meer in stand kunnen houden. De schelpdiervisserij is meer te vergelijken met een vorm van landbouw, waar het jonge broed wordt geoogst en uitgezaaid over percelen die de visser pacht van de overheid. Een duurzame schelpdiervisserij houdt, onder andere, in dat de bodem niet teveel wordt beschadigd tijdens het vissen en dat er genoeg overblijft voor de vogels.

Al jaren woedt er een fel debat tussen natuurbeschermingsorganisaties zoals de Waddenvereniging en Wilde Kokkels enerzijds, en de schelpdiervisserij anderszijds, over het medegebruik van natuurgebieden zoals de Oosterschelde en de Waddenzee. Binnen de schelpdiervisserij is, in reactie hierop, onderzoek gaande naar alternatieven voor de mosselzaadvisserij, zoals hangmosselcultures en de kweek van mosselzaad op het land. Ook wordt gezocht naar selectievere vismethodes en een efficienter beheer van de kweekpercelen.

Een ander debat tussen de schelpdiervissers en de miliebeweging gaat over de import van Iers mosselzaad. Al enige jaren betrekken Zeeuwse mosselkwekers een deel van hun mosselzaad uit Ierland, omdat de zaadval in Zeeland te beperkt is en er steeds meer restricties gelden voor mosselzaadvisserij op de Waddenzee. In maart 2006 verbood de Raad van State echter de uitzaai van Iers mosselzaad in de Oosterschelde totdat meer onderzoek is gedaan naar de effecten van de import van deze vreemde organismen op de natuur. De resultaten van dit onderzoek worden in de herfst van 2006 verwacht.

Binnen de reguliere visserij zijn weinig activiteiten op het gebied van duurzaamheid te melden. Dat concludeert de Hogeschool Zeeland in 2001 in een studie naar duurzaamheidsinitiatieven. Wel kan de kweek van vis aan de randen van het Veerse Meer en de Oosterschelde een mogelijke nieuwe activiteit zijn voor boerenbedrijven. De Hogeschool Zeeland start daarom in september 2006 met een speciale leergang "Aquacultures" voor ondernemers en andere betrokkenen.