Groen beleggen is de laatste jaren mede zo populair geworden door de belastingvoordelen die eraan verbonden zijn. Door de overheid aangemerkte 'groene' fondsen zijn vrijgesteld van de 1,2% vermogensrendementsheffing in box 3 tot een maximum van EUR 52.579 per jaar (cijfers over 2006). Daarnaast ontvangen beleggers een heffingskorting van netto 1,3% van het vrijgestelde bedrag. Samen bieden deze fiscale maatregelen een extra voordeel van 2,5% bovenop het rendement.

Anderhalf jaar na de invoering van deze fiscale voordelen wilde het kabinet Balkenende-2 ze weer schrappen, als onderdeel van de bezuinigingen in het nieuwe regeerakkoord . De fondsen waren daardoor plotseling financieel een stuk minder interessant geworden voor beleggers,  waardoor de koers van veel groenfondsen kelderde. Na massale protesten van betrokken banken, bedrijven en beleggers werd de bezuiniging geschrapt en herstelde de koers van de fondsen zich weer. Toch heeft groen beleggen door deze affaire wel een tik opgelopen. In het half jaar erna kwam bij het Triodos Groenfonds nog maar driekwart aan inleggeld binnen van voor de aankondiging van het kabinet om te bezuinigen op groen beleggen. Bij andere banken was dat nog minder.